امواج تولید شده توسط مگنترون یك میدان متناوب مغناطیسی ایجاد می كند و مولكول های غذا مخصوصاً مولكول های قطبی مثل آب، پروتئین ها و چربی ها خودشان را با تغییرات سریع میدان متناوب الكتریكی همسو می كنند. آنها حول یك محور نوسان می كنند كه حدود ۲۴۵میلیون بار در ثانیه است. این نوسانات باعث ایجاد اصطكاك قابل توجهی بین مولكول ها شده و نتیجه آن، تولید انرژی است. در نتیجه این كار، درون غذا گرم می شود، در حالی كه ظرف غذا خنك است. سهولت استفاده و زمان كم پخت، باعث استفاده زیاد این وسیله در خانه ها و رستوران ها شده است.    توضیهاتی بیشتر درباره چگونگی كار مایكروویو:مایكروویودرست مانند امواج نور وامواج رادیویی،نوعی انرژی الكترومغناطیسی است.این امواج در واقع امواجی با طول موج بسیار كوتاه از انرژی الكترومغناطیس هستند كه با سرعت نور حركت می كنند.از این امواج برای ارسال برنامه‍های رادیو، تلویزیون، اطلاعات رایانه ای و سیگنال های تلفن استفاده می شود.اما این كلمه در ذهن ما به مفهوم دستگاه طبخ غذا جا افتاده است.پرتو های مایكروویو فعل وانفعالاتی روی ملكولهای غذا انجام می دهندو با هر سیكل گردشی ،موج پولا ریته بار ملكولها را از مثبت به منفیتغییر می دهند. در اجاق ماكروویو این تغییرات پلاریته در هر ثانیه میلیون ها بار رخ می دهند. برخی از ملكول های غذا،به ویژه ملكول های آب،دارای دو انتهای مثبت ومنفی هستند درست به همان صورتی كه یك قطعه آهن ربادارای دوقطب شمال وجنوب است. پرتو های مایكروویو ملكول های غذای در حال پخت را بمباران و آنها را به ملكول های قطبی ای تبدیل میكنند كه در هر ثانیه با همان فركانس ء میلیون ها بار تغییر قطب می دهند. همه ی این تحریكات ،باعث ایجاد اصطكاك همچنین موجب آسیب جدی همچون متلاشی كردن یا از شكل انداختن سلول های اطراف می شود كه بانام علمی ایزومریسم ساختاری معروف است.اسامی متعددی در وصف امواج الكترو مغناطیسی آمده است ، كه یكی از این نام ها پرتوزایی رادیواكتیو یا توزیع انرژی با امواج الكترومغناطیسی است. پرتوزایی رادیواكتیو بر اساستعریف فیزیكی آن عبارت است از:((انتشار امواج الكترومغناتیسی از اتم ها یا ملكول های مواد رادیو اكتیو به دنبال تخریب هسته آنها.))این پرتوزایی ،باعث یونیزاسیون میشود و یونیزاسیون زمانی رخ می دهد كه یك اتم خنثی الكترون دریافت كند یا از دست می دهد. به زبان ساده تر ، یك دستگاه مایكروویواز طریق فرایند پرتوزایی،با تابش پرتو های الكترو مغناطیسی ساختمان ملكول های غذا را تخریب كرده یا تغییر می دهند.اگر تولید كنندگان این وسیله از نام دقیق آن یعنی ((اجاق پرتوزا))استفاده می كردند،به یقن قادر نبودند حتی یك عدد از آنها را به فروش برسانند.اما این دقیقاَهمان چیزی است كه مایكروویو نامیده می شود.به ما گفته می شود كه پخت غذا از طریق مایكروویو با رادیوتراپی یا درمان از طریق اشعه متفاوت است. هیچ مطالعه ای كه دولت آمریكا تاُیید كرده باشد ونشانگر مضر بودن این وسیله باشد تا كنون انجام نشده است،اما این را خوب می دانیم كه اعتبار مطالعات و تحقیقات می تواند محدود باشد وگاهی این مطالعات به طور عمد با دقت انجام نمی شود،وما به عنوان مصرف كننده باید برای قضاوت تا درجاتی از عقلسلیم خود استفاده كنیم.