امواج تولید شده توسط مگنترون یک میدان متناوب مغناطیسی ایجاد می کند و مولکول های غذا مخصوصاً مولکول های قطبی مثل آب، پروتئین ها و چربی ها خودشان را با تغییرات سریع میدان متناوب الکتریکی همسو می کنند. آنها حول یک محور نوسان می کنند که حدود ۲۴۵میلیون بار در ثانیه است. این نوسانات باعث ایجاد اصطکاک قابل توجهی بین مولکول ها شده و نتیجه آن، تولید انرژی است. در نتیجه این کار، درون غذا گرم می شود، در حالی که ظرف غذا خنک است. سهولت استفاده و زمان کم پخت، باعث استفاده زیاد این وسیله در خانه ها و رستوران ها شده است.    توضیهاتی بیشتر درباره چگونگی کار مایکروویو:مایکروویودرست مانند امواج نور وامواج رادیویی،نوعی انرژی الکترومغناطیسی است.این امواج در واقع امواجی با طول موج بسیار کوتاه از انرژی الکترومغناطیس هستند که با سرعت نور حرکت می کنند.از این امواج برای ارسال برنامه‍های رادیو، تلویزیون، اطلاعات رایانه ای و سیگنال های تلفن استفاده می شود.اما این کلمه در ذهن ما به مفهوم دستگاه طبخ غذا جا افتاده است.پرتو های مایکروویو فعل وانفعالاتی روی ملکولهای غذا انجام می دهندو با هر سیکل گردشی ،موج پولا ریته بار ملکولها را از مثبت به منفیتغییر می دهند. در اجاق ماکروویو این تغییرات پلاریته در هر ثانیه میلیون ها بار رخ می دهند. برخی از ملکول های غذا،به ویژه ملکول های آب،دارای دو انتهای مثبت ومنفی هستند درست به همان صورتی که یک قطعه آهن ربادارای دوقطب شمال وجنوب است. پرتو های مایکروویو ملکول های غذای در حال پخت را بمباران و آنها را به ملکول های قطبی ای تبدیل میکنند که در هر ثانیه با همان فرکانس ء میلیون ها بار تغییر قطب می دهند. همه ی این تحریکات ،باعث ایجاد اصطکاک همچنین موجب آسیب جدی همچون متلاشی کردن یا از شکل انداختن سلول های اطراف می شود که بانام علمی ایزومریسم ساختاری معروف است.اسامی متعددی در وصف امواج الکترو مغناطیسی آمده است ، که یکی از این نام ها پرتوزایی رادیواکتیو یا توزیع انرژی با امواج الکترومغناطیسی است. پرتوزایی رادیواکتیو بر اساستعریف فیزیکی آن عبارت است از:((انتشار امواج الکترومغناتیسی از اتم ها یا ملکول های مواد رادیو اکتیو به دنبال تخریب هسته آنها.))این پرتوزایی ،باعث یونیزاسیون میشود و یونیزاسیون زمانی رخ می دهد که یک اتم خنثی الکترون دریافت کند یا از دست می دهد. به زبان ساده تر ، یک دستگاه مایکروویواز طریق فرایند پرتوزایی،با تابش پرتو های الکترو مغناطیسی ساختمان ملکول های غذا را تخریب کرده یا تغییر می دهند.اگر تولید کنندگان این وسیله از نام دقیق آن یعنی ((اجاق پرتوزا))استفاده می کردند،به یقن قادر نبودند حتی یک عدد از آنها را به فروش برسانند.اما این دقیقاَهمان چیزی است که مایکروویو نامیده می شود.به ما گفته می شود که پخت غذا از طریق مایکروویو با رادیوتراپی یا درمان از طریق اشعه متفاوت است. هیچ مطالعه ای که دولت آمریکا تاُیید کرده باشد ونشانگر مضر بودن این وسیله باشد تا کنون انجام نشده است،اما این را خوب می دانیم که اعتبار مطالعات و تحقیقات می تواند محدود باشد وگاهی این مطالعات به طور عمد با دقت انجام نمی شود،وما به عنوان مصرف کننده باید برای قضاوت تا درجاتی از عقلسلیم خود استفاده کنیم.